Après les Jacobins
Saint Paul
(vers 1450)
Pierre calcaire polychromée, H 121 cm.
New York, The Metropolitan Museum of Art, 22.31.1.

les biens de l’église et du couvent ont été détruits ou dispersés, conséquences de la guerre de dix ans et de la révolution.
Durant la guerre de Dix Ans, la Franche-Comté, possession des Habsbourg d’Espagne, est dévastée par les troupes françaises et leurs alliés. Poligny est conquise en 1638, pillée et incendiée.
A la révolution, le couvent et l’église deviennent biens nationaux.
Le mobilier, les tableaux, les statues, les autels secondaires, les retables des chapelles, les tapisseries, les ornements, les livres sont vendus.
Le maître-autel, le tabernacle et la chaire sont installés à la collégiale Saint-Hippolyte.
La remarquable statuaire, due aux princes, aux nobles et aux bourgeois polinois, est dispersée.
Le gisant de Jean de Bourgogne, fils de Mahaut d’Artois, œuvre de Jean Pépin de Huy (1315), a été retrouvé dans la chapelle de Darbonnay (Jura). Il est exposé au Musée des Beaux-Arts et d’Archéologie de Besançon.
Un priant, qui a longtemps passé pour être Thomas de Plaine, président au parlement de Bourgogne (mort en 1505), a été vendu par la commune à un antiquaire en 1905. Il a été acquis par le musée du Louvre en 1920.
Trois statues du xve siècle, Saint Paul, Saint Jacques et Saint Jean-Baptiste, acquises par l’antiquaire polinois François Vuillermet, ont traversé l’Atlantique après la Première Guerre mondiale. Elles sont exposées au Metropolitan Museum de New York.


à la révolution, l’église devient salpêtrière, puis halle à grains et cave vinicole. le couvent accueille la sous-préfecture puis une école.
Les ordres religieux réguliers sont supprimés en 1790 et les Jacobins chassés. Tandis que le couvent sert de prison pour les prêtres réfractaires et est mis à disposition pour les besoins militaires comme écurie, magasin de fourrage et de grains, l’église devient salpêtrière pour pourvoir au besoin de poudre à canon.
Prefets et sous-préfets sont institués en 1800. Poligny est chef-lieu d’arrondissement, et, en 1802, les bureaux de la sous-préfecture s’installent dans l’aile du couvent parallèle à la rue.
En 1817, Poligny se propose pour accueillir le nouvel évêque du Jura. L’église serait devenue cathédrale, et le couvent palais épiscopal. Il en fut à nouveau question en 1867.
L’initiative n’aboutit pas et la commune acquiert l’église pour y établir une prison, une caserne de gendarmerie et une halle aux grains. Seul ce dernier projet voit le jour en 1838.
Ses dépendances abritent le bureau des postes et télégraphes.
A partir de 1910, l’église est louée à la Fruitière Vinicole de Poligny. L’édifice sert de cave à vin où s’opère le vieillissement des récoltes. En 1952, le prix Nobel de littérature américain John Steinbeck y déguste des vins du Jura.
En 1936, l’École nationale professionnelle de jeunes filles s’installe dans l’ancien couvent, après la disparition de la sous-préfecture et une fois abandonné le projet de création d’un hôtel.
Elle dispense un enseignement ménager (cuisine, repassage, couture, puériculture) mais aussi des rudiments de culture générale et la sténodactylographie.

Dégradations, destructions

le xxe siècle voit la dégradation de l’église et la démolition du couvent. mais leur valeur patrimoniale finit par être reconnue.
Le clocher avait été démoli dès avant 1823. Pour établir un climat favorable à la vinification, plusieurs baies du collatéral nord sont occultées. La grande rose est rebouchée par un mur en grosse brique dans lequel sont ouvertes trois petites baies.
Les infiltrations dues au mauvais état de la toiture aggravent l’humidité du bâtiment. L’édifice est encrassé par les vapeurs d’alcool et la moisissure.
En 1955, un mur en parpaing divise l’édifice. Sa moitié orientale devient un gymnase pour l’école professionnelle.
Lors de la création de l’école professionnelle, le couvent est détruit en 1934. Le cloître disparaît. Le bâtiment parallèle à la rue est rehaussé de deux niveaux, dans un style néo-classique. Les fenêtres du collatéral sud, qui s’ouvraient a l’origine sur le cloître, sont à leur tour occultées par le nouveau bâtiment.
Cependant l’église est inscrite à l’inventaire supplémentaire des monuments historiques en 1939, et classée en 1945, alors qu’elle est menacée d’être transformée en cuisine, atelier et salle de conférence pour l’école voisine.
À l’emplacement du couvent, désormais occupé par le lycée polyvalent Hyacinthe-Friant, réputé pour sa filière hôtellerie restauration, une restructuration achevée en 2008 a révélé un ensemble de fenêtres à meneaux provenant de l’aile est des bâtiments conventuels.